Иногда в работе могут быть данные и инфа для внутреннего использования. Я как-то раз делал презентацию для СТС - там мне в первую очередь сказали о том что инфа секретная и прописали в договоре. Разумеется такое в портфолио ставить не стоит) .

На самом деле всегда проще спросить у заказчика. Как правило разрешают - особенно если остался позитивный осадок от взаимного сотрудничества. Но зато потом не будет проблем. Если спросить нет возможности (бывает и такое - когда выступаешь в роли субподрядчика) то я выкладываю работу без логотипа компании.