В договоре нет пунктов, которые мне хотелось бы там видеть, как можно изменить договор?

Договор одинаковый для всех и вносить в него изменения недопустимо, но можно дополнить условия, используя техническое задание и комментарии в сделке.

Все дополнительные договоренности, в том числе юридические, можно указать в техническом задании. После того как исполнитель подтвердит свое согласие работать в Безопасной Сделке, и заказчик зарезервирует бюджет - техническое задание подлежит к исполнению на 100%. 

Переписка сторон на странице Безопасной Сделки - тоже неотъемлемая часть договора. Все  договоренности нужно фиксировать в комментариях. Договоренность вступает в силу после того как обе стороны подтвердят согласие.