Работа с исполнителем по БС, но вся переписка в Мегаплане, как быть?

Здравствуйте. Если вас не устроит качество работы, вам нужно будет подать в Арбитраж. Далее, если вы со второй стороной с помощью Арбитража( или самостоятельно) сможете прийти к какому либо обоюдному соглашению по вопросу закрытия сделки, сделка будет закрыта так, как вы договоритесь. Если же нет, то сделка будет закрыта решением Арбитража на основании имеющихся в сделке данных при этом Арбитр может запросить любую необходимую информацию.

Т.е в качестве доказательств, подойдут логи переписок по задачи с Мегпалана?

В качестве дополнительной информации при разбирательстве да, но для принятия решения в случае принудительного закрытия сделки рассматриваются только те факты, которые отражены непосредственно в сделке. Например:
- если вы меняете ТЗ, то согласование должно быть отражено в самой сделке. В ином случае оно не будет рассматриваться как невыполненное
- если вы меняете срок, то этот факт тоже должен быть отражен в сделке 
и.т. п

Для избежания недоразумений мы рекомендуем вести переписку непосредственно в сделке, по крайней мере все ключевые моменты.